本作改編自同名手機游戲作品《蔚藍檔案 -Blue Archive-》，故事發生在通過數以千計的學校形成的巨大學園都市基沃托斯。在這里，拿著槍的學生們的拌嘴，成了日常的風景。其中，被沙漠環繞的“阿拜多斯高中”面臨廢校的危機。為了擺脫這一狀況而奮斗的“對策委員會”5名學生，遇見了被稱作“老師”的大人，故事由此展開。學生與青春，校園與槍。她們所追求的未來會…