本作為大家描述在母港里生活的各位艦船的日常生活。動畫的背景舞臺是個冠上艦船名稱的少女們所生活的世界，而且與「現在」的世界有點不同。她們隸屬于許多勢力同心協力組成的聯合組織「碧藍航線」。艦船們都在設置于母港里的「學園」生活。主角標槍、綾波、Z23與拉菲，在這個與不同陣營的艦船們一起生活。每個陣營的每個艦船，個性都不太一樣、身材也都不太一樣，而且都很獨特，她們在「碧藍航線」會編織出什么樣的故事呢？