巡之丘學園生活社成員的丈槍由紀，將與顧問老師佐倉惠、社長若狹悠里及隨身帶著圓鍬的恵飛須澤胡桃一起度過乍看之下快樂無比的校園生活。但事實上學校早已被一群僵屍所包圍，但由紀卻猶如失憶般的活在正常生活的幻想之中。其馀成員們為了保護她，必須一邊與漸漸進逼的僵屍及生活問題對抗，一邊維持正常學生生活以避免刺激到由紀。一場在幻想與現實中交錯的故事，一群少女身處在名為學園的孤島上的艱困生活才正要開始……