對于你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰!’ 突如其來的，在朝倉都知事那知道神秘的恐嚇信函...。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀!雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是，奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，并帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水壩建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關系人等之中，因此決定進行深度搜查。