1999年，日本陸上自衛隊的機器人小隊在一次聯合國維和行動中遭到全殲。數年后，橫浜大橋突然被戰斗機炸毀，官方報導稱肇事飛機屬于自衛隊。民眾廣泛對自衛隊產生了不信任感。 特車二課第二小隊的后藤隊長察覺此事與在99年的那場事件中失蹤的自衛隊隊員柘植有關。而柘植是特車二課第一小隊隊長南云原來的戀人。民眾的不信任感達到了頂峰，處于戒嚴狀態的東京面臨著大騷亂，人們被即將爆發戰爭的危機籠罩著。在自衛隊王牌隊員荒川的幫助下，后藤和南云追查到了柘植的下落。 后藤招集起泉、篠原等特車二課原來的成員們，啟動PATLABOR機器人進攻柘植的根據地……