戰艦上，塵封在初號機里14年的真嗣終于蘇醒過來，與美里、律子、明日香還有東治的妹妹再會。從眾人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他發現明日香卻一點也沒有變化，明日香告訴他，EVA的駕駛者受到EVA的詛咒，是永不會變化的。此外真嗣又得知，初號機中獲救的僅得他一人，而他奮力從使徒手中救出的凌波麗并沒有在初號機的駕駛艙里，不能接受這一事實的真嗣，更得知他再也不需要駕駛EVA，并被迫戴上炸彈項圈，只要他想離開戰艦或登上EVA，美里就會引爆炸彈。聽到這一切后，真嗣繼續抑郁。 與此同時，戰艦受到EVA MARK09的襲擊，從MARK09上感覺到..