第三季故事講述的是未來世界庫庫魯長大成人，即將加冕成為古靈仙族的國王，女神安琪兒與新一任花仙魔法使者“圣潔之光”雪城愛一起守護著拉貝爾大陸的和平，人們生活在寧靜祥和之中。然而黑暗魔王借著人們內(nèi)心的私欲逐漸壯大，他利用芬妮公主對安琪兒的嫉妒之心再一次發(fā)動侵襲，妄圖搶奪神秘力量，花之法典中的花仙精靈被盡數(shù)黑化，拉貝爾大陸岌岌可危。危急關頭，安琪兒女神不得不打開時空之門，將雪城愛與庫庫魯送回過去的地球，去找到那個命定的魔法少女尋求幫助。