薄霧籠罩的京都，一起攸關日本國家安全的大事件即將發生。一艘疑似裝載爆炸物的可疑船只靠近舞鶴灣。通過對船上相關數據和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團的各位一同觀摩海上自衛隊組織的對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦穗高號，與全國各地聚集來的孩子們一起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來的巨大魄力所震撼。 誰知演習中突發意外，原本虛擬的作戰瞬間變成真槍實彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員一等海尉笹浦洋介遺體被發..